Манастирът е построен през 893-900 година от свети Наум Охридски, най-младият от първите ученици на свети Кирил и Методий,[1] със съдействието на българските владетели Борис и Симеон. След като прекратява учителската си дейност, през 900 година Наум Охридски се оттегля в този манастир. След смъртта му на 23 декември 910 година манастирската църква, първоначално носеща името „Свети Архангели“, започва да бъде наричана с неговото име. В нея се съхраняват и мощите на Свети Наум Охридски.
